Viện Bơm và Thiết bị Thủy lợi được thành lập trên cơ sở quyết định số 594/QĐ-TTg ngày 10/5/2007 của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập Viện Khoa học Thủy lợi Việt Nam trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại Viện Khoa học Thủy lợi và Viện Khoa học Thủy lợi Miền Nam và Quyết định số 2519 QĐ-BNN-TCCB ngày 19/8/2008 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Bơm và Thiết bị Thủy lợi.