Tiền thân của Viện Nghiên cứu và Ứng dụng Công nghệ Nha Trang ngày nay là Phân viện Vật lý tại Nha Trang thuộc Viện Vật lý-Viện Khoa học Việt Nam, đã được thành lập theo quyết định số 897/VKH-QĐ ngày 27 tháng 12 năm 1983, đến năm 1993 được đổi thành Phân viện Khoa học Vật liệu thuộc Viện Khoa học Vật liệu-Trung tâm Khoa học Tự nhiên và Công nghệ Quốc gia theo quyết định số 04/KHCNQG-QĐ ngày 11 tháng 6 năm 1993, và được mang tên hiện nay là Viện Nghiên cứu và Ứng dụng Công nghệ Nha Trang-Viện Khoa học & Công nghệ Việt Nam theo quyết định số 197/QĐ-KHCNVN ngày 12 tháng 02 năm 2007.