Cuối những năm 50 của thế kỷ XX, tại khu Capler - Thị xã Thái Nguyên, nay là số 284 Đường Lương Ngọc Quyến - Thành phố Thái Nguyên, Chính phủ nước Việt Nam dân chủ cộng hòa thành lập Trường Y sĩ Việt Bắc thuộc Khu tự trị Việt Bắc. Đến năm 1968, trường đã đào tạo 20 khóa y sĩ cho đất nước. Trên cơ sở sẵn có của Trường Y sĩ Việt Bắc, ngày 23 tháng 7 năm 1968, Hội đồng Chính phủ đã ra Quyết định số 116/CP thành lập Phân hiệu Đại học Y khoa Miền núi của Trường Đại học Y Hà Nội. Khi đó, trường đang sơ tán tại vùng rừng núi thuộc xã La Hiên, huyện Võ Nhai, tỉnh Bắc Thái.