Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản II là đơn vị sự nghiệp khoa học công nghệ công lập trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có chức năng nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, đào tạo, hợp tác quốc tế, tư vấn và dịch vụ về bảo tồn và phát triển nguồn lợi thủy sản; nuôi trồng; khai thác thủy sản; chế biến thủy sản thuộc các tỉnh Miền Nam.