Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh có chức năng nghiên cứu khoa học, ứng dụng khoa học công nghệ về phòng, chống dịch, bệnh truyền nhiễm, bệnh không lây nhiễm; đào tạo và chỉ đạo tuyến; hợp tác quốc tế; tổ chức các hoạt động chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về phòng, chống dịch, bệnh truyền nhiễm, bệnh không lây nhiễm và tổ chức cung cấp các dịch vụ về y tế dự phòng, y tế công cộng đáp ứng nhu cầu xã hội theo quy định của pháp luật trên địa bàn khu vực phía Nam và các địa phương được phân công theo yêu cầu của Bộ Y tế.