- CDC là trung tâm trực thuộc Sở Y tế TP được thành lập theo quyết định 381 ngày 28.1.2019 của UBND TP về tổ chức lại các trung tâm chuyên ngành thuộc lĩnh vực y tế dự phòng, gồm: Trung tâm y tế dự phòng TP, Trung tâm Truyền thông giáo dục sức khỏe, Trung tâm Dinh dưỡng, Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản, Trung tâm Bảo vệ sức khỏe lao động và Môi trường, Trung tâm Phòng, chống HIV/AIDS và Trung tâm Kiểm dịch y tế Quốc tế.

- Ngày 7.3.2019, Sở Y tế TP đã ban hành quy chế  tổ chức và hoạt động của CDC. CDC có chức năng tham mưu và tổ chức thực hiện hoạt động chuyên môn về phòng, chống dịch bệnh truyền nhiễm; bệnh không lây nhiễm; phòng, chống tác động của các yếu tố nguy cơ ảnh hưởng đến sức khỏe cộng đồng; khám phát hiện, điều trị dự phòng và các dịch vụ y tế khác phù hợp với lĩnh vực chuyên môn trên địa bàn TP.

- CDC được giao 18 nhiệm vụ tương ứng với 7 trung tâm hợp thành. CDC có 3 phòng chuyên môn và 12 chuyên khoa. Gồm: Khoa Phòng chống bệnh truyền nhiễm; Khoa Phòng chống bệnh không lây nhiễm; Khoa Dinh dưỡng; Khoa Truyền thông giáo dục sức khỏe; Khoa sức khỏe môi trường - Y tế trường học; Khoa Ký sinh trùng - Côn trùng; Khoa Dược - Vật tư y tế; Khoa Xét nghiệm - Chẩn đoán hình ảnh - Thăm dò chức năng; Khoa Phòng, chống HIV/AIDS; Khoa Bệnh nghề nghiệp; Khoa Sức khỏe sinh sản; Phòng khám đa khoa, chuyên khoa.

- CDC có chức năng dự phòng, triển khai, giám sát, phát hiện những bệnh tật trước khi xảy ra, những vấn đề liên quan đến sức khỏe con người, môi trường…