Viện Khoa học tổ chức nhà nước tiền thân là Trung tâm Nghiên cứu Khoa học và Thông tin (thành lập năm 1990) của Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ. Năm 1995, Trung tâm Nghiên cứu Khoa học và Thông tin được chuyển thành Viện Nghiên cứu Khoa học tổ chức nhà nước theo Quyết định số 15/TCCP ngày 11/3/1995. Năm 2008, Viện được đổi tên thành Viện Khoa học tổ chức nhà nước theo Quyết định số 1501/2008/QĐ-BNV ngày 02/12/2008 của Bộ trưởng Bộ Nội vụ. Ngày 05/12/2017, Bộ trưởng Bộ Nội vụ đã ban hành Quyết định số 2856/QĐ-BNV quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Khoa học tổ chức nhà nước. Viện Khoa học tổ chức nhà nước có tên giao dịch quốc tế là Institute on State Organizational Sciences (viết tắt là INSOS)