Sứ mạng của Trường là đào tạo cán bộ y tế có chất lượng cao; là trung tâm nghiên cứu ứng dụng khoa học - kỹ thuật đáp ứng nguồn nhân lực cho ngành y tế và cộng đồng về chăm sóc sức khoẻ nhân dân Thanh Hoá và các tỉnh lân cận phía Bắc Miền Trung
Mục tiêu phát triển Nhà trường:
- Phấn đấu trở thành Trường Đại học kỹ thuật Y Dược trong hệ thống các Trường Đại học Y Dược Việt Nam phục vụ nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội địa phương.
- Xây dựng đội ngũ giảng viên có trình độ trên đại học đạt 70% vào năm 2017 và 80% vào năm 2020 để đáp ứng nhu cầu nâng cao chất lượng đào tạo và nghiên cứu khoa học.
- Đảm bảo đủ cơ sở vật chất, trang thiết bị hiện đại phục vụ đào tạo 4000 học sinh - sinh viên.
- Đáp ứng cơ bản nhu cầu nghiên cứu khoa học và ứng dụng công nghệ vào lĩnh vực chăm sóc sức khoẻ; phấn đấu đến năm 2020 có bệnh viện trong Trường, quy mô bệnh viện 100 gường bệnh.
- Đảm bảo đủ kinh phí cho các hoạt động đào tạo, nghiên cứu khoa học,chăm sóc sức khoẻ cộng đồng, sử dụng hiệu quả nguồn tài chính.
Định hướng phát triển của Trường: Nhà trường tập trung nâng cao chất lượng đào tạo, đào tạo đội ngũ giảng giảng viên, xây dựng cơ sở vật chất. Phấn đấu sớm nâng cấp Trường trở thành Trường Đại học kỹ thuật Y - Dược trong hệ thống các trường Y Dược Việt Nam.
