Khoa Khoa học Cơ bản – Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh được thành lập năm 1994 có chức năng, nhiệm vụ quản lý đào tạo và giảng dạy các môn khoa học cơ bản cho sinh viên năm thứ nhất thuộc 6 khoa chuyên ngành. Ngoài ra, Khoa Khoa học Cơ bản còn quản lý đào tạo và giảng dạy: môn Toán, Lý luận chính trị, Ngoại ngữ, Tin học, Giáo dục Thể chất cho sinh viên từ năm thứ hai đến năm thứ sáu và giảng dạy Ngoại ngữ, Triết học, Tin học cho các đối tượng sau đại học: Bác sĩ nội trú, Chuyên khoa I, Cao học, Chuyên khoa 2 và Nghiên cứu sinh.