Tiền thân của Trường Đại học Nha Trang là Khoa Thủy sản, thuộc Học viện Nông Lâm Hà Nội, được thành lập vào ngày 01/8/1959, sau đó được tách ra và lấy tên là Trường Thủy sản vào ngày 16/8/1966. Năm 1976, Trường chuyển từ TP. Hải Phòng và TP. Nha Trang (tỉnh Khánh Hòa) và lần lượt đổi tên thành Trường ĐH Hải sản (năm 1977) và Trường Đại học Thủy sản (năm 1980). Theo Quyết định số 172/2006/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, kể từ ngày 25/7/2006, Trường chính thức mang tên “Trường Đại học Nha Trang”.
