Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Thành phố được thành lập theo Quyết định số 381/QĐ-UBND ngày 28 tháng 01 năm 2019 của Ủy ban nhân dân thành phố trên cơ sở tổ chức lại 07 Trung tâm chuyên ngành thuộc lĩnh vực Y tế dự phòng: Trung tâm Y tế dự phòng, Trung tâm Truyền thông Giáo dục sức khỏe, Trung tâm Dinh dưỡng, Trung tâm phòng chống HIV/AIDS, Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản, Trung tâm Bảo vệ sức khỏe lao động và Môi trường, Trung tâm Kiểm dịch Y tế quốc tế.