Trung tâm Kiểm nghiệm Thuốc, Mỹ phẩm, Thực phẩm là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Y tế thành phố Cần Thơ chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và hoạt động của Sở Y tế. Trung tâm Kiểm nghiệm Thuốc, Mỹ phẩm, thực phẩm có chức năng tham mưu giúp Giám đốc Sở Y tế trong việc kiểm tra, giám sát và quản lý chất lượng các loại thuốc, mỹ phẩm và thực phẩm được sản xuất, tồn trữ, lưu hành và sử dụng tại địa phương.
