Viện Địa chất và Địa vật lý biển, tiền thân là Phân viện Hải dương học tại Hà Nội, được thành lập từ hai trung tâm là Trung tâm Vật lý địa cầu ứng dụng và Trung tâm nghiên cứu Địa chất biển, trực thuộc Trung tâm Khoa học tự nhiên và Công nghệ Quốc gia theo quyết định số 53/KHCNVN-QĐ ngày 22/6/1993.