Viện Sốt rét - KST - CT TP. Hồ Chí Minh là Viện chuyên khoa đầu ngành ở khu vực Nam Bộ - Lâm Đồng về nghiên cứu, chỉ đạo phòng chống các bệnh ký sinh trùng (sốt rét, giun, sán, nấm, đơn bào...) và các bệnh do côn trùng, ngoại ký sinh truyền, các bệnh nhiệt đới ít được quan tâm; đào tạo chuyên môn kỹ thuật, xây dựng mạng lưới chuyên ngành và tổ chức thực hiện phòng, chống các bệnh ký sinh trùng, bệnh do côn trùng, bệnh do ngoại ký sinh ở khu vực Nam Bộ - Lâm Đồng.