Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam được thành lập theo Quyết định số 220/2005/QĐ-TTg ngày 9/9/2005 của Thủ tướng Chính phủ, tiếp theo ngày 5/12/2005 Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT đã ký Quyết định số 3407/QĐ-BNN-TCCB thành lập Viện Khoa học kỹ thuật nông lâm nghiệp miền núi phía Bắc (Northern Mountainous Agriculture and Foretry Science Institute - NOMAFSI) thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, trên cơ sở sáp nhập 04 đơn vị gồm: Viện Nghiên cứu Chè Việt Nam thuộc thuộc Tổng Công ty Chè Việt Nam; Trung tâm Nghiên cứu Cây ăn quả Phú Hộ thuộc Viện Nghiên cứu Rau quả, Trung tâm Nghiên cứu nông nghiệp miền núi phía Bắc thuộc Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Việt Nam; Trung tâm Nghiên cứu Cà phê Ba Vì thuộc Tổng Công ty Cà phê Việt Nam.
