Học viện Biên phòng đã trải qua các giai đoạn phát triển chính như sau:

Thời kỳ 1963 - 1975, là Trường Sĩ quan Công an nhân dân vũ trang nằm trong Bộ nội vụ (nay là Bộ Công an) được giao nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng Sỹ quan với 04 chuyên ngành: Sĩ quan Biên phòng, Trinh sát Biên phòng, Quản lý cửa khẩu  và Quản lý nội địa, đáp ứng yêu cầu quản lý, bảo vệ biên giới, giới tuyến tạm thời, bảo vệ lãnh tụ và các cơ quan đầu não của Đảng và Nhà nước; các mục tiêu chính trị, kinh tế, văn hoá và ngoại giao quan trọng.

Ngày 27 tháng 11 năm 1976, Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) ra Nghị định số 231/CP cho phép Trường Sĩ quan Công an nhân dân Vũ trang được đào tạo sĩ quan có trình độ Đại học nằm trong các trường đại học của Bộ Nội vụ (Sĩ quan Cảnh sát, Sĩ quan An ninh, Sĩ quan Công an nhân dân Vũ trang) và hệ thống các trường đại học của Quốc gia.

Năm 2000, Trường Đại học Biên phòng được giao nhiệm vụ đào tạo Thạc sĩ Biên phòng với 3 chuyên ngành: Quản lý biên giới, Quản lý cửa khẩu và Trinh sát Biên phòng.

Năm 2003, Trường Đại học Biên phòng được nâng cấp thành Học viện Biên phòng nằm trong hệ thống các học viện, nhà trường QĐND Việt Nam.

Ngày 01/12/2009, Thủ tướng Chính phủ ký Quyết định số 2006/QĐ-TTg giao nhiệm vụ đào tạo Tiến sỹ, sau đó Bộ trưởng Bộ Giáo dục & Đào tạo có quyết định giao nhiệm vụ đào tạo tiến sĩ chuyên ngành quản lý biên giới, quản lý cửa khẩu cho Học viện Biên phòng. 

Chức năng nhiệm vụ của Học viện Biên phòng

- Chức năng:

+ Là trung tâm đào tạo, bồi dưỡng cán bộ và nghiên cứu khoa học của lực lượng BĐBP.

+ Là đơn vị thường trực sẵn sàng chiến đấu của Bộ Tư lệnh Bộ đội Biên phòng.

- Nhiệm vụ:

1. Đào tạo, bồi dưỡng cán bộ Biên phòng cấp phân đội và cấp chiến chuật - chiến dịch có trình độ bậc Cao đẳng, Đại học và bậc Sau đại học.

2. Đào tạo cán bộ theo chức danh như: Chỉ huy đồn Biên phòng, chỉ huy Biên phòng cấp tỉnh, thành phố và tập huấn, bồi dưỡng cán bộ Biên phòng các cấp.

3. Đào tạo học viên quốc tế ( hiện đang đào tạo Đại học và tập huấn cán bộ cho Quân đội Hoàng gia Campuchia và QĐND Lào)

4. Đào tạo cán bộ cho Bộ Công an có trình độ Cao đẳng, Đại học và Sau đại học (hiện đang đào tạo Cao đẳng, Đại học ngành Cảnh sát Bảo vệ mục tiêu và Cảnh sát Cơ động)

5. Cử giáo viên và sĩ quan biệt phái phụ trách Trung tâm giáo dục quốc phòng an ninh sinh viên Tây Bắc.

6. Liên kết với một số trường đại học đào tạo nguồn nhân lực phục vụ cho sự nghiệp Công nhiệp hoá- Hiện đại hoá đất nước.

7. Nghiên cứu khoa học chuyên ngành, phục vụ yêu cầu, nhiệm vụ công tác và chiến đấu của Bộ đội Biên phòng.

8. Đào tạo giáo viên, giảng viên giáo dục Quốc phòng - An ninh trình độ Đại học.

9. Đào tạo trình độ đại học chính quy ngành Luật

10. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Bộ Quốc phòng và Bộ Tư lệnh BĐBP giao

Thành tích

Trong hơn nửa thế kỷ xây dựng, trưởng thành và phát triển, dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng, Chính phủ, Bộ Quốc phòng, Bộ Nội vụ (nay là Bộ Công an), trực tiếp là Đảng ủy, Bộ Tư lệnh Bộ đội Biên phòng, với sự giúp đỡ của các cơ quan, đơn vị, học viện, nhà trường trong và ngoài quân đội; cấp ủy, chính quyền, nhân dân địa phương nơi đóng quân, với ý thức tự lực, tự cường, nỗ lực phấn đấu không mệt mỏi, lớp lớp các thế hệ cán bộ, giảng viên, học viên, chiến sĩ, công nhân viên đã kế tiếp nhau xây dựng Học viện Biên phòng vươn lên trưởng thành nên nhiều mặt.

Với những thành tích đã đạt được, Học viện Biên phòng đã được Đảng và Nhà nước tặng thưởng nhiều phần thưởng cao quý:

- Lẵng hoa của Chủ tịch Hồ Chí Minh năm 1968.

- Lẵng hoa của Chủ tích Tôn Đức Thắng năm 1970.

- Danh hiệu Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân thời kỳ chống Mỹ năm 2011.

- 01 Huân chương lao động hạng 3 năm 1970.

- 01 Huân chương Quân công hạng nhất năm 2013; 04 Huân chương Quân công hạng nhì năm 1992,1996,2003,2008; 01 Huân chương Quân công hạng ba năm 1983.

- 02 Huân chương Chiến công hạng nhất năm 1970,1988; 02 Huân chương Chiến công hạng nhì năm 1968,1980.

Và nhiều phần thưởng cao quí khác do các Bộ, ngành trao tặng.