1. Các giai đoạn phát  triển:

Trường Quân y sĩ Việt Nam (1949 – 1957),

Trường sĩ quan Quân y (1957 – 1962),

Viện nghiên cứu Y học Quân sự (1962 - 1966)

Đại học Quân y (1966 – 1981)

Học viện Quân y (1981 đến nay)

2. Các phần thưởng và danh hiệu cao quý được Đảng và Nhà nước phong tặng:

- Huân chương Sao vàng;

- Huân chương Hồ Chí Minh;

- 2 lần Anh hùng LLVT Nhân dân trong thời kỳ Đổi mới và trong thời kỳ Kháng chiến Chống Mỹ;

- Huân chương Độc lập hạng Nhất;

- Huân chương Quân công hạng Nhất;

- 20 Huân chương Quân công, Huân chương Chiến công, Huân chương Lao động, Huân chương Bảo vệ Tổ quốc các loại;

- Hai công trình khoa học được tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh (giải thưởng khoa học và công nghệ cao quý nhất của Việt Nam); 2 đề tài khoa học được tặng Giải thưởng sáng tạo kỹ thuật VIFOTEC, 3 đề tài khoa học được tặng giải thưởng của Tổ chức Sở hữu trí tuệ thế giới (WIPO);

- 7 đơn vị trực thuộc Học viện và 16 cán bộ từng công tác, học tập tại Học viện được phong tặng danh hiệu Anh hùng; hàng trăm lượt đơn vị được tặng Huân chương Quân công, Huân chương Chiến công, Huân chương Lao động, Huân chương Bảo vệ Tổ Quốc...

- Từ 1996 -2007 (13 năm liên tục) Học viện được Bộ giáo dục - Đào tạo tặng bằng khen về thành tích xuất sắc trong phong trào sinh viên nghiên cứu khoa học.

3. Sứ mệnh, chuẩn đầu ra của Học viện Quân y:

3.1. Sứ mệnh:

Học viện Quân y là cơ sở đào tạo đại học, sau đại học ngành y dược duy nhất trực thuộc Bộ Quốc phòng với 3 nhiệm vụ chính trị trung tâm là đào tạo cán bộ quân y các cấp, đội ngũ nhân viên y tế phục vụ sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước; điều trị và nghiên cứu khoa học, đặc biệt về lĩnh vực y dược học quân sự; không ngừng phấn đấu với vị trí của một trong những trường đại học y dược hàng đầu của Việt Nam, trường Đại học trọng điểm Quốc gia; trở thành trung tâm đào tạo nhân lực, nghiên cứu khoa học, phát triển và ứng dụng các kỹ thuật tiên tiến trong các lĩnh vực y học quân sự và y học chung của quốc gia và quốc tế.

3.2. Chuẩn đầu ra:

- Đào tạo bác sĩ đa khoa dân y hệ dài hạn 6 năm: đào tạo những người có y đức, có kiến thức và kỹ năng nghề nghiệp cơ bản về y học để xác định, đề xuất và tham gia giải quyết các vấn đề sức khoẻ cá nhân và cộng đồng, có khả năng nghiên cứu khoa học và tự học nâng cao trình độ, đáp ứng nhu cầu bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khoẻ nhân dân. 

- Đào tạo dược sĩ dân sự trình độ đại học hệ dài hạn 5 năm: đào tạo những người có đạo đức tốt, có kiến thức khoa học cơ bản và y dược học cơ sở, kiến thức và kỹ năng chuyên môn cơ bản để tư vấn về sử dụng thuốc hợp lý, an toàn, hiệu quả; để sản xuất, quản lý và cung ứng thuốc tốt; có khả năng nghiên cứu khoa học và tự học nâng cao trình độ chuyên môn, góp phần đáp ứng nhu cầu chăm sóc, bảo vệ và nâng cao sức khoẻ nhân dân.