Chi cục Quản lý Chất lượng Nông Lâm sản và Thuỷ sản Hà Nội được thành lập theo Quyết định số 1662/QĐ-UBND ngày 13/4/2010 của Uỷ ban nhân dân thành phố Hà Nội, bộ máy gồm 03 phòng, 01 đơn vị trực thuộc (Phòng quản lý chất lượng, Phòng thanh tra, Phòng hành chính tổng hợp, Trạm kiểm định chất lượng).