Viện Kinh tế và Quy hoạch thuỷ sản là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có chức năng nghiên cứu kinh tế, cơ chế, chính sách, quy hoạch phát triển thủy sản; hợp tác quốc tế, đào tạo, điều tra cơ bản, tư vấn, chuyển giao công nghệ, tư vấn và dịch vụ về kinh tế, quy hoạch thuỷ sản trên phạm vi cả nước.