Viện Kinh tế và Quản lý Thủy lợi tiền thân là Viện Kinh tế Thuỷ lợi thuộc Bộ Thuỷ lợi được thành lập theo Nghị định 88/CP ngày 6/3/1979 của Chính phủ. Năm 1992, Viện Kinh tế Thuỷ lợi sáp nhập với Viện Khoa học Thuỷ lợi, đổi tên thành Viện Khoa học và Kinh tế thuỷ lợi và thành lập Trung tâm Nghiên cứu Kinh tế trên cơ sở nhiệm vụ và tổ chức của Viện Kinh tế Thuỷ lợi (theo QĐ số 22 QĐ/TCCB-LĐ ngày 13/1/1992 của Bộ Thuỷ lợi).

Viện Kinh tế và Quản lý Thủy lợi tiền thân là Viện Kinh tế Thuỷ lợi thuộc Bộ Thuỷ lợi được thành lập theo Nghị định 88/CP ngày 6/3/1979 của Chính phủ. Năm 1992, Viện Kinh tế Thuỷ lợi sáp nhập với Viện Khoa học Thuỷ lợi, đổi tên thành Viện Khoa học và Kinh tế thuỷ lợi và thành lập Trung tâm Nghiên cứu Kinh tế trên cơ sở nhiệm vụ và tổ chức của Viện Kinh tế Thuỷ lợi (theo QĐ số 22 QĐ/TCCB-LĐ ngày 13/1/1992 của Bộ Thuỷ lợi).

Năm 2007, thành lập Viện Kinh tế và Quản lý Thuỷ lợi  trực thuộc Viện Khoa học Thuỷ lợi Việt Nam trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại Trung tâm Nghiên cứu Kinh tế theo Quyết định số 594/QĐ-TTg ngày 10/5/2007 cuỉa Thủ tướng Chính phủ.

1. Chức năng, nhiệm vụ 

Chức năng:

Viện Kinh tế có chức năng nghiên cứu khoa học về kinh tế, quản lý, thể chế chính sách, định mức kinh tế kỹ thuật; nghiên cứu khoa học phục vụ các dịch vụ công ích của nhà nước; tham gia đào tạo sau đại học và hợp tác quốc tế trong lĩnh vực kinh tế và quản lý thuỷ lợi, thuỷ điện, đê điều, nước sạch nông thôn trong phạm vi cả nước. 

Nhiệm vụ và quyền hạn

Nhiệm vụ của Viện Kinh tế quy định tại Quyết định số 2304/QĐ-BNN-TCCB ngày 30/7/2008 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, bao gồm:
1. Xây dựng và trình cấp có thẩm quyền các chương trình, dự án, kế hoạch dài hạn, năm năm và hàng năm về thể chế chính sách, kinh tế và quản lý trong lĩnh vực thuỷ lợi, thuỷ điện, nước sạch nông thôn; tổ chức thực hiện sau khi được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

2. Nghiên cứu cơ bản có định hướng; nghiên cứu cơ chế chính sách, chiến lược; nghiên cứu khoa học phục vụ các dịch vụ công ích của nhà nước trong lĩnh vực thuỷ lợi, thuỷ điện, đê điều và nước sạch nông thôn:

2.1) Nghiên cứu khoa học về kinh tế và quản lý, thể chế chính sách, chiến lược, quy hoạch trong quản lý, khai thác, sử dụng và bảo vệ nguồn nước:

a) Cơ chế kinh tế trong quy hoạch phát triển, khai thác, sử dụng có hiệu quả nguồn nước, chính sách quản lý nguồn nước tổng hợp, quản lý lưu vực sông, phòng ngừa và giảm nhẹ thiên tai, chống suy thoái và cạn kiệt nguồn nước bảo đảm phát triển bền vững;
b) Mô hình tổ chức và chính sách đầu tư, khai khác sử dụng nguồn nước.
2.2) Nghiên cứu kinh tế đầu tư xây dựng công trình thuỷ lợi, thuỷ điện, đê điều và nước sạch nông thôn:

a) Cơ chế chính sách đầu tư, quản lý đầu tư xây dựng công trình;

b) Kinh tế xây dựng, tiêu chuẩn, quy chuẩn, định mức xây dựng và giá xây dựng; phương pháp đánh giá hiệu quả đầu tư, suất đầu tư, chỉ số giá theo nhiệm vụ được giao;

c) Cơ chế chính sách phát triển và ứng dụng công nghệ mới, vật liệu mới trong xây dựng công trình;

d) Tham gia nghiên cứu cơ chế chính sách di dân, tái định cư khi thu hồi đất xây dựng công trình.

2.3) Nghiên cứu kinh tế quản lý, khai thác, sử dụng công trình thuỷ lợi, thuỷ điện, đê điều và nước sạch nông thôn:

a) Mô hình tổ chức, phân cấp quản lý và cơ chế chính sách huy động các thành phần kinh tế quản lý công trình;

b) Giá nước, thuỷ lợi phí, cơ chế tài chính và chính sách với các đối tượng dùng nước;

c) Xây dựng định mức kinh tế kỹ thuật, định mức chi phí trong công tác quản lý khai thác công trình.

2.4) Nghiên cứu kinh tế xã hội và môi trường:

a) Cơ chế chính sách quản lý trong bảo vệ môi trường, phòng ngừa và giảm thiểu tác hại do biến đổi khí hậu;

b) Kinh tế môi trường, phương pháp đánh giá hiệu quả kinh tế xã hội, môi trường các dự án;

c) Cơ chế chính sách huy động cộng đồng tham gia quản lý các công trình thuỷ lợi, thuỷ điện, đê điều, nước sạch nông thôn.

3. Tham gia xây dựng, đánh giá về cơ chế, chính sách phục vụ quản lý nhà nước theo chức năng nhiệm vụ của Bộ giao.

4. Cung cấp các dịch vụ tư vấn về kinh tế và quản lý, cơ chế chính sách và chiến lược; lập, thẩm tra dự toán, tổng mức đầu tư, xây dựng định mức kinh tế kỹ thuật, giá và chỉ số giá xây dựng, quản lý chi phí đầu tư xây dựng; đấu thầu; tài chính, kế toán, quy đổi vốn; đánh giá hiệu quả dự án, xây dựng mô hình quản lý  phù hợp với năng lực, nhiệm vụ của Viện và các quy định của pháp luật.

5. Xây dựng mô hình thử nghiệm, chuyển giao kết quả nghiên cứu khoa học phục vụ sản xuất và quản lý theo quy định.

6. Hợp tác quốc tế về nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ; hợp tác, liên kết với tổ chức, cá nhân trong ngoài nước để thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu, tư vấn và đào tạo của Viện theo quy định của pháp luật.

7. Tham gia đào tạo đại học và sau đại học; tập huấn, hội thảo nâng cao năng lực chuyên môn nghiệp vụ cho các tổ chức cá nhân trong lĩnh vực hoạt động của Viện theo quy định của pháp luật.

8. Quản lý nguồn nhân lực, kinh phí, tài sản và các nguồn lực khác được giao theo quy định của pháp luật.

9. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Bộ và Giám đốc Viện Khoa học Thuỷ lợi Việt Nam giao.