1. Lãnh đạo Trung tâm:
a) Lãnh đạo Trung tâm Nghiên cứu Khí tượng - Khí hậu có Giám đốc và không quá 02 Phó Giám đốc.
b) Giám đốc chịu trách nhiệm trước pháp luật và trước Viện trưởng về các nhiệm vụ được phân công và toàn bộ hoạt động của Trung tâm; xây dựng trình Viện trưởng phê duyệt chức năng, nhiệm vụ của các đơn vị trực thuộc Trung tâm; ban hành điều lệ tổ chức và hoạt động, các quy chế của Trung tâm theo quy định.
c) Phó Giám đốc giúp việc Giám đốc, chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luật về các lĩnh vực công tác được phân công.
2. Các đơn vị trực thuộc Trung tâm:
a) Phòng Khí tượng nhiệt đới và Bão.
b) Phòng Nghiên cứu Khí hậu và Dự báo khí hậu.
c) Phòng Ứng dụng thông tin khí hậu.
