Là đơn vị sự nghiệp công trực thuộc Tổng cục Thủy sản, được thành lập năm 2010 theo Quyết định số 05/2010/QĐ-TTg ngày 25/01/2010 của Thủ tướng Chính phủ về việc Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thủy sản trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Quyết định số 36/QĐ-TCTS-VP ngày 26/4/2010 về việc Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Khảo nghiệm, Kiểm nghiệm, Kiểm định NTTS (nay là Quyết định số 912/QĐ-TCTS-VP ngày 01/9/2017) của Tổng cục trưởng Tổng cục Thủy sản.
