Bảo tàng là tổ chức sự nghiệp văn hoá - khoa học có chức năng nghiên cứu bảo tàng, sưu tầm, lưu giữ, bảo quản, giám định, trưng bày giới thiệu mẫu vật, hiện vật về sinh vật, địa lý - địa chất, nhân chủng, tư liệu về thiên nhiên và tài nguyên thiên nhiên Việt Nam và thế giới; nghiên cứu, điều tra cơ bản; phát triển, ứng dụng chuyển giao công nghệ; bảo tồn tài nguyên thiên nhiên; tư vấn dịch vụ khoa học công nghệ và đào tạo nhân lực trong các lĩnh vực liên quan.
I. Chức năng:
Bảo tàng có chức năng nghiên cứu bảo tàng, sưu tầm, lưu giữ, bảo quản, giám định, trưng bày giới thiệu mẫu vật, hiện vật về sinh vật, địa lý - địa chất, nhân chủng, tư liệu về thiên nhiên và tài nguyên thiên nhiên Việt Nam và thế giới; nghiên cứu, điều tra cơ bản; phát triển, ứng dụng chuyển giao công nghệ; bảo tồn tài nguyên thiên nhiên; tư vấn dịch vụ khoa học công nghệ và đào tạo nhân lực trong các lĩnh vực liên quan.
II. Nhiệm vụ:
1. Nghiên cứu khoa học, biên soạn quy chuẩn, tiêu chuẩn trong lĩnh vực khoa học trái đất, khoa học sự sống, bảo tàng, bảo tồn tài nguyên thiên nhiên, tổ chức sưu tầm, xây dựng và quản lý, khai thác Bộ sưu tập mẫu vật quốc gia về thiên nhiên.
2. Tổ chức thu thập, tiếp nhận, lưu giữ, bảo quản mẫu vật, hiện vật, thực hiện công tác chế tác mẫu vật, thiết kế trưng bày; tổ chức trưng bày, triển lãm và các hoạt động phù hợp nhằm giới thiệu một cách đầy đủ và toàn diện các giá trị thiên nhiên của Việt Nam và Thế giới.
3. Nghiên cứu phân tích, phân loại, định loại, giám định các mẫu sinh vật, địa lý - địa chất (đất, đá, khoáng sản, khoáng vật, cổ sinh vật, thiên thạch ...), nhân chủng (khảo cổ, tiến hóa nhân học, văn hóa tộc người), các mẫu vật và hiện vật bằng các phương pháp khoa học, kỹ thuật và công nghệ hiện đại.
4. Nghiên cứu, xây dựng, duy trì và phát triển ngân hàng gen của mọi sinh vật đang sống và đã tuyệt chủng.
5. Nghiên cứu và điều tra cơ bản, quan trắc, đánh giá tác động môi trường, đề xuất các giải pháp khoa học và công nghệ nhằm thích ứng biến đổi khí hậu, phòng tránh và giảm nhẹ tác động của thiên tai và con người lên môi trường tự nhiên và xã hội.
6. Nghiên cứu phát triển và ứng dụng công nghệ, phát triển sản phẩm trong lĩnh vực khoa học trái đất, khoa học sự sống, sinh học, y dược và hóa dược.
7. Xây dựng ngân hàng dữ liệu mẫu vật, hiện vật của Hệ thống Bảo tàng.
8. Tổ chức thực hiện các nhiệm vụ, đề tài, dự án nghiên cứu khoa học về khoa học trái đất, khoa học sự sống, bảo tàng, sử dụng và phát triển bền vững tài nguyên thiên nhiên, cứu hộ các loài động vật, thực vật.
9. Tổ chức các hoạt động tư vấn khoa học, công nghệ, kỹ thuật, nghiệp vụ, sản xuất thử nghiệm, kỹ thuật bảo tàng, dịch vụ khoa học kỹ thuật theo chức năng, nhiệm vụ.
10. Tham gia công tác đào tạo trong lĩnh vực nghiên cứu khoa học trái đất, khoa học sự sống, bảo tàng, bảo tồn và các lĩnh vực liên quan.
11. Tổ chức các hoạt động truyền thông, phổ biến kiến thức, tuyên truyền giáo dục nâng cao nhận thức và ý thức bảo vệ thiên nhiên và môi trường cộng đồng.
12. Tổ chức vận động, tiếp nhận và sử dụng nguồn viện trợ của các tổ chức, cá nhân để cứu hộ, nghiên cứu bảo tàng, bảo tồn và phát triển sinh vật; xuất nhập khẩu, trao đổi mẫu vật, hiện vật, vật phẩm, vật tư khoa học công nghệ và ấn phẩm khoa học.
13. Hợp tác quốc tế và trong nước với các tổ chức và cá nhân các nhà khoa học trong các lĩnh vực trên theo chức năng, nhiệm vụ.
14. Quản lý về tổ chức, bộ máy; quản lý và sử dụng viên chức, người lao động của đơn vị theo quy định của pháp luật và của Viện Hàn lâm.
15. Quản lý về tài chính, tài sản của đơn vị theo quy định của pháp luật và của Viện Hàn lâm.
16. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Chủ tịch Viện Hàn lâm giao.