Học viện Khoa học Quân sự được tổ chức và hoạt động dưới sự lãnh đạo, quản lý trực tiếp của Bộ Quốc phòng và chịu sự quản lý nhà nước về giáo dục-đào tạo của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Học viện có nhiệm vụ đào tạo cử nhân, thạc sĩ, tiến sĩ chuyên ngành Khoa học Quân sự; cử nhân ngoại ngữ quân sự các chuyên ngành tiếng Anh, tiếng Trung Quốc, tiếng Nga, tiếng Pháp; thạc sĩ ngôn ngữ Anh, ngôn ngữ Trung Quốc; cử nhân Quan hệ quốc tế về quốc phòng; cử nhân Việt Nam học; cử nhân ngoại ngữ dân sự; bồi dưỡng kiến thức quân sự, quốc phòng; liên kết với Học viện Chính trị đào tạo ngắn hạn cán bộ chính trị cấp trung đoàn; liên kết với Học viện Quốc phòng đào tạo Chỉ huy Tham mưu cao cấp; đào tạo ngoại ngữ cho các Học viện, nhà trường trong toàn quân; tổ chức thi và cấp chứng chỉ tiếng Anh trình độ B1, B2 theo khung tham chiếu Châu Âu cho các cơ sở đào tạo sau đại học trong và ngoài quân đội. Đào tạo học viên quân sự nước ngoài cho 22 nước theo hiệp định và quan hệ đối đẳng giữa Bộ Quốc phòng Việt Nam với bộ quốc phòng các nước trong khu vực và trên thế giới. Ngoài ra, Học viện còn tham gia rất tích cực trong các hoạt động đối ngoại quốc phòng, là nhân tố tích cực góp phần xây dựng mối quan hệ hợp tác ngày càng sâu rộng giữa Bộ Quốc phòng Việt Nam với nhiều đối tác trên thế giới.
Mục tiêu của Học viện Khoa học Quân sự là cung cấp các sản phẩm đào tạo, nghiên cứu khoa học về lĩnh vực ngoại ngữ, quan hệ quốc tế về quốc phòng, Việt Nam học chất lượng cao cho Quân đội, nguồn nhân lực của xã hội và các đối tác nước ngoài.
Trong quá trình đào tạo, học viên được trang bị vốn kiến thức ngoại ngữ để sau khi tốt nghiệp ra trường có thể làm công tác biên-phiên dịch, làm cán bộ giảng dạy ngoại ngữ, làm công tác đối ngoại quốc phòng, làm cán bộ nghiên cứu có thể sử dụng ngoại ngữ thành thạo cho công việc chuyên môn như tham gia vào các dự án chuyển giao công nghệ, trang thiết bị, vũ khí hiện đại…. Ngoài ra, học viên tốt nghiệp ra trường còn tham gia các hoạt động hợp tác ở mức cao hơn, như hoạt động gìn giữ hòa bình của Liên hợp quốc, diễn tập chung và các hoạt động khác, đáp ứng yêu cầu của nhiệm vụ bảo vệ Tổ quốc và góp phần đưa quan hệ với các nước đối tác đi vào chiều sâu ổn định, bền vững.
Chương trình đào tạo ở các trình độ đại học, sau đại học, thực hành tiếng các chuyên ngành ngoại ngữ, Việt Nam học đã tiếp cận được chương trình đào tạo chuẩn hoá của quốc gia và quốc tế đồng thời chú trọng các kỹ năng ngôn ngữ, kỹ năng xã hội, nâng cao tính chủ động, sáng tạo của người học.
Hiện nay, với đội ngũ cán bộ quản lý, giảng viên có trình độ cao, cơ sở vật chất, thiết bị dạy học hiện đại, Học viện Khoa học Quân sự đã phát triển đa dạng các loại hình đào tạo; mở rộng hợp tác, liên kết về đào tạo với các đối tác trong và ngoài nước, tham gia các chương trình đào tạo ở trong nước và ngoài nước đạt chất lượng hiệu quả cao.
