Các lĩnh vực hoạt động:

          - Điều tra, khảo sát, nghiên cứu cơ sở khoa học, pháp lý và thực tiễn phục vụ xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật, chính sách, chiến lược, chương trình mục tiêu quốc gia, quy hoạch, kế hoạch quốc gia về môi trường theo sự phân công của Tổng cục trưởng.
          - Tham gia các hoạt động điều tra, khảo sát, đánh giá hiện trạng môi trường, đánh giá tác động môi trường tổng hợp, dự báo diễn biến môi trường liên vùng toàn quốc; điều tra, thống kê, đánh giá chất thải, tình hình ô nhiễm, suy thoái và sự cố môi trường; các dự án về bảo tồn thiên nhiên và đa dạng sinh học; các dự án về biến đổi khí hậu; đánh giá và giám sát an toàn sinh học.         

- Xây dựng và thực hiện các đề án, dự án: phân loại, thu gom, vận chuyển, xử lý, giảm thiểu, tái chế, chôn lấp chất thải quy mô liên tỉnh hoặc các mô hình thí điểm cấp quốc gia; xử lý chất thải cho các cơ sở công ích; các đề án, dự án, nhiệm vụ về bảo vệ, khắc phục, cải tạo cảnh quan môi trường lưu vực sông liên tỉnh, vùng ven biển bị ô nhiễm, suy thoái môi trường.

          - Nghiên cứu, điều tra, khảo sát, đánh giá hiện trạng, diễn biến tác động của ô nhiễm môi trường tới sức khỏe cộng đồng; xây dựng báo cáo quốc gia về sức khỏe môi trường; xây dựng và cập nhật hồ sơ sức khỏe môi trường quốc gia; nghiên cứu xây dựng, thử nghiệm và phát triển các công cụ đánh giá và dự báo rủi ro ô nhiễm môi trường.

          - Tổ chức nghiên cứu ứng dụng, triển khai tiến bộ khoa học và công nghệ trong lĩnh vực môi trường; xây dựng và tổ chức triển khai các dự án trọng điểm ứng dụng thành tựu khoa học, công nghệ môi trường; nghiên cứu và xây dựng mô hình sản xuất và tiêu thụ bền vững, sản xuất sạch hơn, triển khai nhân rộng các mô hình.

          - Nghiên cứu, xây dựng, chuyển giao kỹ năng, nghiệp vụ, kỹ thuật trong lĩnh vực môi trường; các phương pháp, công cụ phân tích, lượng giá kinh tế môi trường.

          - Tham gia nghiên cứu tác động tới môi trường xung quanh của các hoạt động khai thác tài nguyên, đề xuất các biện pháp quản lý phòng ngừa nhằm giảm thiểu ô nhiễm môi trường. 

          - Tham gia thẩm định và đánh giá công nghệ xử lý ô nhiễm môi trường, các thiết bị, công trình xử lý chất thải trước khi đi vào hoạt động.

          - Tổ chức thực hiện các chương trình, dự án hợp tác quốc tế về môi trường theo phân công của Tổng cục trưởng.

          - Tổ chức các sự kiện, hội chợ, triển lãm môi trường.

          - Tổ chức thực hiện các dịch vụ công về môi trường theo quy định của pháp luật.
          - Thực hiện các dịch vụ trong lĩnh vực môi trường: lập báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM), lập báo cáo hoàn thành ĐTM, kế hoạch bảo vệ môi trường, đề án bảo vệ môi trường; lập hồ sơ đăng ký hành nghề thu gom, vận chuyển, xử lý, tái chế, tiêu hủy chất thải nguy hại; lập hồ sơ đăng ký, chứng nhận cơ sở và sản phẩm thân thiện môi trường; tư vấn xây dựng ISO 14000, sản xuất sạch hơn; khảo sát, lập báo cáo đầu tư, dự án đầu tư, thiết kế kỹ thuật và dự toán các công trình cấp thoát nước và xử lý môi trường; thi công, giám sát thi công, lắp đặt thiết bị các công trình cấp thoát nước và xử lý môi trường; tổ chức các dịch vụ đào tạo trong lĩnh vực môi trường.

          - Thực hiện dịch vụ quan trắc môi trường và phân tích các thông số môi trường trong phòng thí nghiệm theo quy định của pháp luật.

          - Hỗ trợ về kỹ thuật và chuyên môn cho các đơn vị quản lý trực thuộc Tổng cục qua hình thức cử chuyên gia tư vấn và cán bộ tham gia các nhiệm vụ công tác của Tổng cục.
          - Tổ chức thực hiện cải cách hành chính theo chương trình, kế hoạch cải cách hành chính của Tổng cục.

          - Quản lý tài chính, tài sản thuộc Trung tâm; thực hiện nhiệm vụ của đơn vị dự toán cấp III trực thuộc Tổng cục theo quy định của pháp luật.

          - Quản lý tổ chức, biên chế, viên chức, người lao động theo định.

          - Thống kê, báo cáo định kỳ và đột xuất tình hình thực hiện nhiệm vụ được giao.

          - Thực hiện các nhiệm vụ khác do Tổng cục trưởng giao.