Cùng với sự phát triển, trưởng thành về quy mô lực lượng của toàn Binh chủng trong cuộc chống Mỹ cứu nước và trước nhu cầu đội ngũ cán bộ trong xây dựng, phát triển lực lượng Đặc công, ngày 20 tháng 7 năm 1967, Tổng Tham mưu trưởng ra quyết định thành lập Trường Bổ túc cán bộ Đặc công trực thuộc Bộ Tư lệnh Binh chủng. Tiếp đến ngày 12 tháng 2 năm 1974, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 13 chuyển Trường bổ túc cán bộ Đặc công thành Trường sĩ quan Đặc công. Từ năm 1993 Nhà trường đào tạo sĩ quan chỉ huy có trình độ cao đẳng. Đến tháng 9 năm 1998 cùng với các trường sĩ quan trong toàn quân thực hiện quyết định của Thủ tướng Chính phủ, Nhà trường đào tạo sĩ quan Đặc công có trình độ đại học theo ba chuyên ngành: Đặc công Nước, Đặc công Bộ và Đặc công Biệt động. Hiện nay Nhà trường đứng chân trên địa bàn Thị Trấn Xuân Mai và Xã Tân Tiến - Huyện Chương Mỹ - Thành phố Hà Nội.
Chức năng của Nhà trường là: Đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, hạ sĩ quan chỉ huy, nhân viên chuyên môn kỹ thuật Đặc công theo yêu cầu, nhiệm vụ cấp trên giao và nghiên cứu, ứng dụng, phát triển Khoa học Nghệ thuật Quân sự Đặc công, các lĩnh vực liên quan đến tác chiến Đặc công và Khoa học giáo dục - đào tạo quân sự.
Trải qua gần 50 năm chiến đấu, xây dựng và trưởng thành, Nhà trường luôn hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao. Với những thành tích xuất sắc, Trường Sĩ quan Đặc công đã được Đảng, Nhà nước và bạn bè quốc tế tặng nhiều phần thưởng cao quý: 3 Huân chương Quân công hạng nhất, nhì, ba; Huân chương Ít- Xa- La của Nước Cộng Hoà Dân Chủ Nhân Dân Lào; Huân chương Ăngco của Vương Quốc Cămpuchia; Huân chương Antonio Maceo của Nhà nước Cu Ba; 05 lần được nhận cờ thi đua của Thủ tướng Chính phủ từ 2009 đến 2013; Cờ của Đảng ủy QSTW từ năm 2005 đến 2011 (nay là QUTW); Bộ Giáo dục và Đào tạo tặng cờ "Nhà trường dạy tốt, học tốt"; Bộ Quốc phòng tặng Bằng khen trong thực hiện cuộc vận động "Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh"; Binh chủng Đặc công, UBND thành phố Hà Nội, UBND huyện Chương Mỹ tặng nhiều phần thưởng khác. Đặc biệt, ngày 18 tháng 12 năm 2014 Trường Sĩ quan Đặc công được Chủ tịch nước Công hòa XHCN Việt Nam ký quyết định phong tặng danh hiệu Anh hùng LLVT Nhân Dân.
