Viện Sinh thái học Miền Nam, tên giao dịch quốc tế là Southern Institute of Ecology (viết tắt là SIE) trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam được thành lập theo Quyết định số 1030/QĐ-KHCNVN ngày 6/8/2012.
Viện có chức năng điều tra, nghiên cứu đa dạng sinh học và tài nguyên sinh vật nhiệt đới, các hệ sinh thái đặc trưng khu vực phía Nam; đào tạo cán bộ về sinh thái, tài nguyên sinh vật và những lĩnh vực khác có liên quan.
Chức năng và nhiệm vụ:
Theo Quyết định số 1030/QĐ-KHCNVN, Viện Sinh thái học Miền Nam có chức năng, nhiệm vụ sau:
1. Điều tra, nghiên cứu về cấu trúc và chức năng các hệ sinh thái, sinh thái học cá thể, sinh thái học quần thể và sinh thái nhân văn;
2. Nghiên cứu khu hệ động vật, thực vật và nấm ở các tỉnh phía Nam; phát hiện, đánh giá, kiến nghị các biện pháp phục hồi, phát triển các loài thực vật, động vật, nấm có nguy cơ bị đe dọa, bảo vệ nguồn gen;
3. Nghiên cứu những tác động của biến đổi khí hậu đến đa dạng sinh học, đề xuất phương hướng giảm thiểu và ứng phó với biến đổi khí hậu;
4. Nghiên cứu, đánh giá nguồn tài nguyên sinh vật của các hệ sinh thái trên cạn, thủy vực, đưa ra các biện pháp quản lý, sử dụng bền vững các hệ sinh thái và tài nguyên sinh vật;
5. Nghiên cứu, phát hiện các hệ sinh thái nhạy cảm, dự báo diễn thế sinh thái, đề xuất phương hướng sử dụng hợp lý, cải tạo, phục hồi các hệ sinh thái;
6. Giáo dục và nâng cáo nhận thức về đa dạng sinh học và phát triển bền vững;
7. Dịch vụ khoa học và công nghệ thuộc lĩnh vực sinh thái và tài nguyên sinh vật;
8. Đào tạo, bồi dưỡng cán bộ nghiên cứu chuyên ngành sinh thái và tài nguyên sinh vật.