Viện KH&KTHN được thành lập theo Quyết định số 18-CT, ngày 21/1/1991 của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng (nay là Thủ tướng Chính phủ) trên cơ sở sát nhập một số đơn vị trực thuộc Viện Năng lượng Nguyên tử Quốc gia (nay là Viện Năng lượng nguyên tử Việt Nam), bao gồm: Viện 481 (chuyển từ Bộ quốc phòng về Viện NLNTQG), Trung tâm Chiếu xạ, Ban Triển khai kỹ thuật, Phòng Điện nguyên tử, Phòng Vật lý lý thuyết, Ban Kỹ thuật hạt nhân và An toàn bức xạ. Viện có chức năng nghiên cứu và triển khai ứng dụng khoa học và kỹ thuật hạt nhân.
