Trung tâm Khuyến nông là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có chức năng phục vụ quản lý nhà nước của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và triển khai các hoạt động khuyến nông về: Ngành nghề sản xuất, chế biến, bảo quản, tiêu thụ trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp, ngư nghiệp, thủy nông, cơ điện nông nghiệp, ngành nghề nông thôn; và dịch vụ nông nghiệp nông thôn (gọi chung là khuyến nông) trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa.
Trung tâm Khuyến nông chịu sự chỉ đạo, quản lý của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn theo quy định của pháp luật; đồng thời chịu sự hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Trung tâm Khuyến nông Quốc gia.