Trường Đại học Khoa học, Đại học Huế có sứ mạng đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao; nghiên cứu cơ bản và ứng dụng về khoa học tự nhiên, khoa học xã hội - nhân văn và kỹ thuật - công nghệ đáp ứng yêu cầu phát triển đất nước.
- Các lĩnh vực nghiên cứu cơ bản, đặc trưng của một trường đại học khoa học cơ bản ở miền Trung (KHTN, KHXHNV, KHCN, Kỹ thuật và KHGD).
- Đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội thực tiễn của khu vực miền Trung - Tây Nguyên.
- Phát huy thế mạnh về đội ngũ và trang thiết bị hiện có để phấn đấu trở thành một trung tâm nghiên cứu và đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao ở khu vực Miền Trung.
- Xây dựng đề tài đa ngành, đa cấp, đa lĩnh vực; đề tài ứng dụng và chuyển giao công nghệ, góp phần quy hoạch phát triển bền vững và khai thác hợp lý tài nguyên thiên nhiên.
Phát huy truyền thống hơn 30 năm xây dựng và phát triển, trong những năm tới Trường sẽ không ngừng nâng cao chất lượng, mở rộng quy mô đào tạo và NCKH. Chú trọng mở một số ngành đào tạo mới theo hướng công nghệ - ứng dụng; tăng quy mô đào tạo hợp lý phù hợp thế mạnh đội ngũ, CSVC của Trường nhằm đáp ứng nhu cầu xã hội; tích cực điện tử hoá bài giảng, xuất bản giáo trình; trang bị phòng học, phòng thực hành, phòng thí nghiệm hiện đại, chất lượng cao; áp dụng đào tạo tín chỉ cho các ngành học. Tăng cường liên kết với các đối tác để tiến hành ký kết hợp tác nghiên cứu các đề tài trọng điểm, các đề tài có tính chuyển giao công nghệ, ứng dụng cao và tham gia thỉnh giảng trao đổi chuyên môn.
