Cơ cấu tổ chức của Viện Công nghệ sinh học - Đại học Huế gồm 02 Phòng chức năng, 06 Phòng thí nghiệm, 01 Viện thành viên, 01 Bộ môn và 02 Trung tâm. Đội ngũ cán bộ cơ hữu của Viện có 01 Phó Giáo sư, 10 Tiến sĩ, 26 Thạc sĩ (02 nghiên cứu sinh), 17 Cử nhân và Kỹ sư, 05 khác và hơn 150 cán bộ bán cơ hữu có chuyên môn cao về sinh học, công nghệ sinh học, tài nguyên môi trường, Nông-Lâm-Ngư nghiệp đang công tác tại các đơn vị trong Đại học Huế cùng nghiên cứu khoa học và đào tạo.