Năm 1978, Trường Trung học Y tế Phú Khánh được thành lập theo Quyết điịnh số 2888/QĐ-UB ngày 05/9/1978 của Chủ tịch Ủy ban Nhân dân tỉnh Phú Khánh.
Tháng 8/1989 Trường trở thành Trường Trung học Y tế Khánh Hòa với qui mô đào tạo 600 học sinh bậc trung học.
Tháng 10/2005, Trường Cao đẳng Y tế Khánh Hòa được thành lập và được Bộ Y tế và Bộ Giáo dục – Đào tạo giao nhiệm vụ đào tạo cán bộ có trình độ cao đẳng, Trung cấp và Sơ cấp
Các loại hình đào tạo của Trường hiện nay:
- Cao đẳng chính quy: gồm 7 ngành: Điều dưỡng, Dược sĩ, hộ sinh, kỹ thuật xét nghiệm, Kỹ thuật Hình ảnh y học, Kỹ thuật viên phục hình răng, Kỹ thuật hình ảnh y học, Kỹ thuật viên Vật lý trị liệu – Phục hồi chức năng
- Trung cấp chính quy gồm 9 ngành: Y sĩ đa khoa, Y sĩ y học cổ truyền, Điều dưỡng, Hộ sinh, Dược, Kỹ thuật xét nghiệm, Kỹ thuật viên phục hình răng, Kỹ thuật hình ảnh y học, Kỹ thuật viên Vật lý trị liệu – Phục hồi chức năng
- Đào tạo liên thông cao đẳng: các ngành cao đẳng
- Đào tạo văn bằng 2: Y sĩ đa khoa, Y sĩ y học cổ truyền
- Đào tạo nghề: Y tá, Dược tá, Nhân viên xoa bóp
Trường đã tham gia nhiều dự án hợp tác với đối tác quốc tế như Dự án của Hà Lan, Đại học Whashington, tổ chức Counter Part, tổ chức Y tế thế giới nhằm từng bước nâng cao năng lực giảng dạy, trình độ chuyên môn và quản lý đội ngũ quản lý, giảng viên của trường
