Quá trình phát triển :
Viện khoa học kĩ thuật nông lâm nghiệp miền núi phía Bắc, được thành lập theo Quyết định số 220/2005/QĐ-TTg ngày 09/9/2005 của thủ tướng Chính phủ và Quyết định số 3407/QĐ-BNN-TCCB ngày 05/12/2005 của Bộ trưởng Bộ nông nghiệp và PTNT; Viện có tiền thân từ Trạm Nghiên cứu Nông lâm nghiệp Phú Thọ do người Pháp thành lập năm 1918, sau gần 100 năm xây dựng và phát triển, cơ sở nghiên cứu Nông lâm nghiệp này đã nhiều lần thay đổi tên gọi, người lãnh đạo. Quá trình phát triển viện có thể chia thành 4 giai đoạn như sau:
• Giai đoạn 1 (từ 1918 - 1945):
Thời kì đầu thành lập với tên gọi là Trạm Nghiên cứu Nông lâm nghiệp Phú Thọ – trực thuộc Nha Nông chính thời Pháp (1918). Năm 1925, xây dựng nhà máy chè đầu tiên ở Đông dương tại Phú Hộ, với thiết bị chế biến chè đen của Anh và máy phát điện nồi hơi nước. Nội dung nghiên cứ chính giai đoạn này là cây chè, đã tiếp cận nghiên cứu cây cà phê, một số cây có dầu và cây sơn trên địa bàn tỉnh Phú Thọ.
• Giai đoạn 2 (từ năm 1945 - 1984):
Sau cách mạng tháng Tám năm 1945 đến 1954, Bộ Nông lâm nghiệp của Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa tiếp quản Trạm Nghiên cứu Nông lâm nghiệp Phú Thọ. Thời kì này do ảnh hưởng của cuộc kháng chiến 9 năm nên Trạm chỉ duy trì một số loại cây trồng chủ yếu như chè, sơn, trẩu…
Sau hòa bình trạm tiếp tục khôi phục và đến năm 1962 được đổi tên thành Trại thí nghiệm chè Phú Hộ. Nhiệm vụ chủ yếu nghiên cứu về trồng trọt, chăm sóc và chế biến chè xanh, đồng thời bắt đầu nghiên cứu thành công nhân giống chè bằng kỹ thuật giâm hom, tiến bộ mới này mở ra thời kỳ mới cho chọn giống chè bằng phương pháp chọn dòng để tạo ra giống chè PH1.
Sau năm 1975 đến năm 1984, đất nước hoàn toàn thống nhất, Trại thí nghiệm chè Phú Hộ được giao nhiệm vụ khâu nối công tác nghiên cứu chè trong phạm vi cả nước với chương trình cấp nhà nước (ký hiệu 02.06), nhiệm vụ nghiên cứu và phát triển gồm cả vùng chè Tây Nguyên.
Thời kỳ này tại Phú Hộ còn có Viện Nghiên cứu Cây công nghiệp, Cây ăn quả và Cây làm thuốc Phú Hộ thuộc Bộ Nông Nghiệp với chức năng nghiên cứu về cây có dầu (trẩu, sở, đen, cọ dầu, dừa, sơn, lạc, đậu tương, vừng, thầu dầu..), cây ăn quả (cam, hồng, khế, chuối, dứa, vải, ..) cây công nghiệp (cà phê, cao su, mía, bông, đay, cói, ...), cây làm thuốc (bạc hà, hương nhu, mạch môn, ba kích...)
• Giai đoạn 3 (từ năm 1984 - 2005):
Năm 1984 Trại thí nghiệm chè Phú Hộ sáp nhập Viện Nghiên cứu Cây công nghiệp, Cây ăn quả và Cây làm thuốc thành Viện Nghiên cứu Cây công nghiệp và Cây ăn quả. Năm 1988 lại tách ra theo hướng chuyên cây thành Viện Nghiên cứu chè Phú Hộ - trực thuộc Tổng công ty chè Việt Nam và Trung tâm nghiên cứu cây ăn quả Phú Hộ - trực thuộc Viện Nghiên cứu Rau quả, Tổng công ty rau quả Việt Nam.
• Giai đoạn 4 (từ 2005 - nay):
Năm 2005, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam được thành lập theo Quyết định số 220/2005/QĐ-TTg ngày 9/9/2005 của Thủ tướng Chính phủ, tiếp theo ngày 5/12/2005 Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT đã ký Quyết định số 3407/QĐ-BNN-TCCB thành lập Viện Khoa học kỹ thuật nông lâm nghiệp miền núi phía Bắc (Northern Mountainous Agriculture and Foretry Science Institute - NOMAFSI) thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, trên cơ sở sáp nhập 04 đơn vị gồm: Viện Nghiên cứu Chè Việt Nam thuộc thuộc Tổng Công ty Chè Việt Nam; Trung tâm Nghiên cứu Cây ăn quả Phú Hộ thuộc Viện Nghiên cứu Rau quả, Trung tâm Nghiên cứu nông nghiệp miền núi phía Bắc thuộc Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Việt Nam; Trung tâm Nghiên cứu Cà phê Ba Vì thuộc Tổng Công ty Cà phê Việt Nam.
Theo Quyết định số 08/2006/QĐ-BNN-TCCB của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT ngày 06/02/2006 Quy định Viện có chức năng, nhiệm vụ: Nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ về nông lâm nghiệp phục vụ phát triển vùng Trung du, miền núi phía Bắc. Trụ sở chính đặt tại xã Phú Hộ, thị xã Phú Thọ, tỉnh Phú Thọ.
Tại xã Phú Hộ, thị xã Phú Thọ tỉnh Phú Thọ có 250 ha đất là nơi đặt trụ sở chính của Viện. Diện tích đất này phục vụ cho công tác nghiên cứu khoa học, hiện đang lưu giữ tập đoàn quĩ gen của 170 giống chè, 273 giống cây ăn quả (13 loài), 300 giống lúa cạn, gần 150 giống cao su và một số mẫu giống các cây trồng quí hiếm khác trong vùng, được thu thập trong và ngoài nước. Hệ thống nhà làm việc thuộc dự xây dựng Viện đã hoàn thành và đi vào sử dụng. Viện có phòng thí nghiệm phân tích đất và chất lượng nông sản, phòng nghiên cứu công nghệ sinh học và 2 xưởng chế biến phục vụ nhu cầu nghiên cứu và phát triển cây trồng nông lâm nghiệp cho các tỉnh Trung du, miền núi phía Bắc
Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển nông lâm nghiệp Tây Bắc thuộc Viện có trụ sở chính đặt tại huyện Mai Sơn, tỉnh Sơn La với 21,37 ha đất.
Trung tâm nghiên cứu và Phát triển Cây ôn đới thuộc Viện có diện tích 4,0 ha đất tại thị trấn Sapa, huyện Sapa, tỉnh Lào Cai.
Chức năng nhiệm vụ hiện nay:
• Xây dựng các chương trình, dự án, kế hoạch nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ nông nghiệp, lâm nghiệp phục vụ phát triển kinh tế xã hội của vùng Trung du miền núi phía Bắc;
• Nghiên cứu chọn tạo, khảo nghiệm và phát triển giống cây trồng nông lâm nghiệp, cây đặc sản có giá trị hàng hoá cao, phù hợp với điều kiện tự nhiên và kinh tế của Vùng;
• Nghiên cứu về Chè và Cà phê chè phục vụ cho địa bàn cả nước;
• Xây dựng biện pháp kĩ thuật thâm canh tăng năng suất cây trồng,vật nuôi, nâng cao chất lượng nông lâm sản , cải thiện và sử dụng hiệu quả tài nguyên thiên nhiên, đất, nước,và bảo vệ môi trường;
• Nghiên cứu các vấn đề nông thôn và thị trường nông lâm sản trong Vùng.