1. Tham gia xây dựng văn bản quy phạm pháp luật, kế hoạch, chương trình, dự án, tiêu chuẩn kỹ thuật quốc gia, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia và quy trình, quy phạm kỹ thuật về chất lượng nông lâm thủy sản và muối.
2. Triển khai nhiệm vụ về chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm nông lâm thủy sản và muối:
a) Thực hiện các hoạt động sự nghiệp theo các chương trình giám sát quốc gia về an toàn vệ sinh thực phẩm nông lâm thủy sản và muối trên cơ sở kế hoạch được phê duyệt;
b) Tham gia phổ biến các tiêu chuẩn quốc gia, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, quy định của các tổ chức quốc tế, khu vực và các nước nhập khẩu về chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm nông lâm thủy sản và muối;
c) Tư vấn về việc đáp ứng các quy định về đảm bảo chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm cho cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản và muối;
d) Thực hiện các dịch vụ công phục vụ việc:
- Kiểm tra, chứng nhận chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm đối với sản phẩm nông lâm thủy sản và muối xuất khẩu và sản phẩm nông lâm thủy sản và muối sản xuất trong nước trước khi xuất khẩu hoặc đưa ra tiêu thụ nội địa.
- Chứng nhận an toàn dịch bệnh đối với thực phẩm thủy sản xuất khẩu, tạm xuất tái nhập, chuyển cửa khẩu, quá cảnh theo pháp luật Việt Nam, quy định của các tổ chức quốc tế hoặc thỏa thuận song phương với nước nhập khẩu.
- Chứng nhận an toàn dịch bệnh đối với thực phẩm thủy sản là nguyên liệu dùng cho chế biến nhập khẩu, tạm nhập tái xuất, chuyển cửa khẩu, quá cảnh phù hợp với nhiệm vụ Bộ giao cho Cục.
- Kiểm tra công nhận điều kiện đảm bảo an toàn vệ sinh cơ sở sản xuất kinh doanh thủy sản.
đ) Thực hiện các hoạt động phục vụ việc thẩm tra, truy xuất nguyên nhân sản phẩm nông lâm thủy sản và muối không đảm bảo chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm và đề xuất các kiến nghị, giải pháp, biện pháp đảm bảo chất lượng sản phẩm.
3. Thực hiện nhiệm vụ về chất lượng các sản phẩm nông lâm sản, thủy sản không dùng làm thực phẩm (phi thực phẩm):
a) Thực hiện các hoạt động theo chương trình giám sát quốc gia, các hoạt động phục vụ việc thẩm tra, truy xuất nguyên nhân trong toàn bộ quá trình sản xuất sản phẩm nông lâm sản, thủy sản phi thực phẩm không đảm bảo chất lượng và đề xuất các kiến nghị, giải pháp, biện pháp xử lý.
b) Thực hiện các dịch vụ công phục vụ việc kiểm tra, chứng nhận đối với sản phẩm nông lâm sản, thủy sản phi thực phẩm nhập khẩu để chế biến và sản phẩm sản xuất trong nước trước khi xuất khẩu hoặc đưa ra tiêu thụ nội địa, theo pháp luật Việt Nam, quy định của các tổ chức quốc tế hoặc thỏa thuận song phương với nước nhập khẩu.
4. Về kiểm nghiệm và xét nghiệm:
a) Tham gia phổ biến các quy định của Việt Nam, các tổ chức quốc tế, khu vực và các nước nhập khẩu về chỉ tiêu, mức giới hạn, phương pháp kiểm nghiệm, xét nghiệm;
b) Thực hiện kiểm nghiệm chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản và muối phục vụ việc kiểm tra, chứng nhận;
c) Thực hiện xét nghiệm bệnh thủy sản phục vụ chứng nhận kiểm dịch thủy sản và sản phẩm thủy sản xuất nhập khẩu dùng làm thực phẩm;
d) Thực hiện dịch vụ kiểm nghiệm về chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản và muối cho các tổ chức, cá nhân theo quy định.
5. Thực hiện tư vấn và dịch vụ xây dựng chương trình, dự án đầu tư về lĩnh vực chất lượng, an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản và muối tại khu vực được phân công.
6. Thực hiện điều tra, thống kê và quản lý cơ sở dữ liệu về lĩnh vực chất lượng, an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản và muối tại khu vực được phân công.
7. Hướng dẫn, tư vấn về chuyên môn, nghiệp vụ và tập huấn nâng cao năng lực trong lĩnh vực chất lượng, an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản và muối.
8. Tham gia nghiên cứu khoa học, ứng dụng tiến bộ công nghệ, kỹ thuật chuyên ngành và thực hiện các hoạt động hợp tác quốc tế theo quy định.
9. Thực hiện hoạt động khuyến nông, khuyến ngư về lĩnh vực chất lượng, an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản và muối trong khu vực được phân công theo phân công của Cục.
10. Chấp hành chế độ thông tin, báo cáo định kỳ, đột xuất và thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn khác theo phân công, ủy quyền của Cục trưởng Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản.
11. Quản lý tài chính, tài sản và các nguồn lực khác được giao quy định của pháp luật và phân cấp quản lý của Cục. Tổ chức thu, nộp, quản lý và sử dụng các loại phí, lệ phí quản lý chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm nông lâm thủy sản và muối, kiểm dịch thủy sản theo quy định của pháp luật.
12. Quản lý tổ chức bộ máy, biên chế; thực hiện chế độ tiền lương, khen thưởng, kỷ luật và các chính sách, chế độ khác đối với cán bộ, viên chức thuộc phạm vi quản lý của Trung tâm theo phân cấp.
13. Thực hiện các nhiệm vụ khác theo phân công của Cục trưởng.
